文明を破壊し人類を蹂躙した突然変異の虫の化身"鎧蟲"。その唯一の対抗策は、鎧蟲とは異なる進化を遂げた"虫"を宿す少女たち、"蝶妃"だけ。万年蝶妃候補生のアユミは劣等生のレッテルを貼られ、絶望の淵に立ちながらも「世界を救う」という使命を胸に日々鍛錬を続ける。しかし努力の先にアユミを待ち受けていたのは、親友の裏切りと耐え難い現実でーー。これは、運命に翻弄されながらも、過酷な世界を生き抜くために。そして、世界を取り戻すために、もがき続ける少女たちの物語。